我國各地氣候不同，人民的生活習慣也不同，釀造出來的腐乳品質也必然不同，但其生產程序都是利用微生物的相互協同作用而進行發酵的，經過微生物產生的酶類(如蛋白酶、肽酶、淀粉酶及脂肪酶等)，把蛋白質轉化成可溶性的低分子含氧化合物、氨基酸及脂肪等。

制作方法 紹興腐乳的生產工藝是以傳統操作和科學技術相結合進行的。它采用優質黃豆作為原料，經嚴格篩選、風選、除雜去殘；再經浸泡、沖洗、磨煮、濾渣、點漿、壓坯、劃坯成型(制成的半成品，要求色澤潔白，厚薄均勻，細軟而有彈性)。再將白坯放入竹籠后噴灑萬分之二的毛霉菌種(其中棋方腐乳不經毛霉發酵)；在20℃左右的氣溫下，經5天左右的前期發酵(隨著氣溫的改變、發酵時間作相應調整)，毛霉生長較快，逐漸由白色轉為黃褐色，孢子明顯、菌絲粗壯，經顯微鏡檢查無其他雜菌污染毛坯(或稱酵坯)即可腌漬，加鹽量為毛坯的30%，一層毛坯加鹽一層，紅方用人缸腌漬，醉方用竹籮腌漬、在室溫20℃左右的情況下，經10天腌漬即成腌坯(碎方腌漬時間可適當縮短)。正常腌坯色澤黃亮、堅硬，四角方整，由毛霉形成一層表皮，即可裝入壇中，進行后期發酵。入壇時加入佐料即黃酒30%、紅曲漿5%，醬籽11%及花椒等，用荷葉封口后堆疊，在25～30℃環境下，經5～6個月即可成熟。正常成品外觀紫紅色，內呈醬黃色，質地細軟，有腐乳特有芳香和含有較高的氨基酸態氮。

紹興腐乳在生產中對所用的毛霉菌都經過嚴格檢驗，在無雜菌的情況下使用。對選擇原輔料的優質，也都是很重視；腐乳裝壇時添加的黃酒，是有名的紹興老酒，能防止毛霉繼續生長和雜菌污染。當然醇還可以和有機酸結合成酯類，增加腐乳的風味。用的鹽是海鹽，這種鹽潔白、鎂的含量少、無澀味，較鮮美能促進食欲，不過它還有一個重要的作用，那就是浸提結合于毛霉菌絲上的蛋白酶。還有腐乳在生產過程中用的是鑒湖水。據有關部門測定，鑒湖水是軟水，淡水，它含有鈣、鉀等元素，還有微量的鋰，這些化學成分也是提高腐乳質量的一個因素。為了保證產品質量，紹興腐乳在生產過程中還自制優質紅曲和面醬，作為產品的輔料。