在物理性污染方面，指在工業化的加工過程中，來自食品原料、產地環境、加工設備等造成的各種物理性因素污染，包括原料混雜、金屬碎屑、石塊沙粒等，也包括人工混雜的各種物理性雜質、異物等。
在化學性污染方面，指工業化的加工過程中，化學合成物質對加工食品質量安全產生的危害。如，加工過程中一些化學色素、化學添加劑的不適當使用。不適宜的加工工藝，使食物中有害的化學物質增加。加工設備、包裝材料等含有或食品接觸面沾有有害有毒化學物質，對加工食品的質量安全造成危害。
在生物性污染方面，指工業化加工過程中或來自食品原料和包裝材料的各類生物性污染，對加工食品質量安全產生的危害。包括食品原料的生物性質量劣變；產地環境、加工設備接觸面、操作人員的各種生物性污染，如致病性細菌、病毒以及某些毒素等；包裝新材料對加工食品造成的生物性污染，以及因保質期的不適當標注或超過保質期，造成加工食品的生物性劣變。

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